基金では、木曽三川における対象ダム等の建設に伴って、関係地方公共団体などが実施する事業に対する貸付、交付などの援助を行います。（定款第４条）

〇水没関係住民の不動産の取得に必要な措置に対する資金の貸付、交付

〇水没関係住民の生活安定に必要な措置に対する資金の貸付、交付

〇水没関係地域の振興に必要な措置に対する資金の貸付、交付

〇水没関係住民の生活再建又は水没関係地域の振興に必要な調査及びその受託

〇流域関係地域で行われる上下流交流事業に対する助成

〇その他法人の目的を達成するために必要な事業　　　など

〇不動産取得対策助成事業

　水没関係住民が代替不動産を取得するため、金融機関から借り入れた資金に利子補給を行った地方公共団体に対し、当該利子補給に要した費用に相当する額を交付しました。

〇特別援助事業　

　ダムの建設により土地、建物その他の生活の基盤を喪失する水没関係住民に対し、特別の援助を行いました。

〇地域振興対策事業

　水没関係地域の振興に必要な事業を実施した地方公共団体に対し、当該事業に要した費用の一部を交付しました。

〇調査助成事業

　他のダムで発生した事故の実態調査を実施した地方公共団体に対し、当該調査に要した費用の一部を交付しました。

〇調査研究業務

　水没関係住民の生活再建対策、地域振興対策、地域の活性化を図るための地元対応のあり方を調査研究していました。

〇流域活動推進業務

　水源地域対策に関するシンポジウムや水源地域での上下流交流事業に対し、協賛、後援、助成しています。